Finalmente a Adobe lançou uma versão do Flash que dá fim aos problemas de transparências no Linux! Ainda está na versão beta2, mas não há registros de bugs. Para instalar basta descompactar o arquivo e copiar o libflashplayer.so para a pasta que encontra-se a versão anterior (normalmente em /usr/lib/flashplugin-nonfree)… renomeie o artigo original (ex: libflashplayer.os.bkp)

Faça o download do Flash Player com correção de objetos transparentes no linux aqui: http://labs.adobe.com/technologies/flashplayer10/